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科研是学院工作的重要内容，要搞好教学和学科建设，必须加强科学研究。科研是学院生存和发展的第一动力，是学院实力的标志性的体现。因此，在新的形势下，学院将进一步加大对科研的重视和投入，采取各种措施鼓励和重点支持围绕学科建设和教学实际需要开展的科研活动。
自2002年6月成立以来，软件学院以软件工程研究所作为其科研工作的支撑平台，同时还组建了软件工程、计算机软件、网络通讯与信息安全、动漫游戏四个专业教研部，分别在软件工程、管理系统、信息安全与软件工程等领域从事研究、开发工作，并承担多项国家科技攻关、国家软科学、省部级科技攻关以及科技开发等项目。
在新的形势下，学院将进一步加大对科研的投入，继续采取各种措施鼓励和重点支持围绕学科建设和教学实际需要开展的科研活动。具体来说：
（1）凡是与软件工程、计算机有关的地区会议、全国会议、国际会议以及各种专题会议，学院都积极鼓励并全力支持教师以论文参会，全部费用由学院负担。其他各种学术会议学院也尽力支持。
（2）为鼓励学院教师从事科研，学院出台了《南昌大学软件学院科研工作管理及奖励条例》，根据不同的科研项目和发表的论文、论著，学院实行相应的奖励。
（3）按学校岗位津贴考核办法考核教师的科研成果，并实行相应的激励和警戒措施。
（4）每月末召开一次全院科研讨论会，通报教师的近期的科研情况。
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